2009年4月15日，農業部向各省、自治區、直轄市農業行政部門發出《關于切實做好肥料登記管理工作的通知》（農農發[2009]2號）。要求繼續切實履行肥料登記審批和監督管理職責，嚴把肥料產品有效、安全和適用準入關，促進了肥料科學、經濟和生態施用，提高了農產品質量安全水平，維護了農民群眾利益。各地應加強肥料登記管理體系建設，完善登記工作機制，健全全國肥料登記產品信息管理系統，確保信息發布的統一性、權威性和時效性。 “通知”針對肥料登記管理工作中，一些地方還存在審批程序不規范、越權超范圍登記、省際間登記要求不一致和監管不到位等問題，提出嚴格省級登記審批權限，明確境內生產的有國家標準或農業行業標準的復混肥料（包括配方肥料）、有機－無機復混肥料、有機肥料、床土調酸劑由其生產企業所在的省級農業行政主管部門負責登記，其他肥料產品（免于登記產品除外）由農業部負責登記。“通知”還要求嚴把申請登記肥料產品的安全關，嚴格檢驗有機-無機復混肥料、有機肥料和床土調酸劑產品中重金屬、有害微生物等有毒有害物質含量；根據需要安排產品毒理學試驗和產品安全性田間試驗。 “肥料登記申請書”、“肥料續展登記申請書”、“肥料變更登記申請書”、“肥料生產企業考核表”、“肥料登記產品備案申請表”等規范文本得到修訂。